Selepas menembusi pasukan utama Sevilla, Navas membuat penampilan sulungnya untuk pasukan bawah-21 pada bulan September 2004. Dia telah dikatakan sebagai bintang berpotensi untuk kelab dan negaranya, tetapi masalah ketakutan menyebabkan dia terpaksa berhenti bermain bola sepak antarabangsa. Pada bulan Ogos 2009, dia mengumumkan hasratnya untuk mengatasi masalahnya dalam usaha mencari tempat dalam skuad Piala Dunia FIFA 2010.[16]

Pada 9 November 2009, Navas dipanggil oleh Vicente del Bosque untuk perlawanan persahabatan menentang Argentina dan Austria.[17] Pada 14 November, dia membuat penampilan sulungnya menentang Argentina dimana mereka menang 2–1 di Madrid. Empat hari kemudian, dia bermain keseluruhan separuh masa kedua menentang Austria dimana mereka menang 5–1 di Vienna.

Dipanggil ke skuad Piala Dunia di Afrika Selatan, Navas menjaringkan gol antarabangsa pertamanya pada 3 Jun 2010 dalam perlawanan persahabatan menentang Korea Selatan. Semasa Piala Dunia, dia beraksi dalam tiga perlawanan termasuk masa tambahan 30 minit dalam perlawanan akhir menentang Belanda dan Sepanyol menang trofi Piala Dunia FIFA pertama mereka.

Navas juga dipilih untuk UEFA Euro 2012, dimana dia muncul dalam beberapa perlawanan sebagai pemain gantian. Pada 18 Jun 2012, dia menjaringkan satu-satunya gol perlawanan pada minit ke-87 dalam perlawanan peringkat kumpulan menentang Croatia.[18]

Dipilih untuk Piala Konfederasi FIFA 2013, Navas muncul dalam tiga perlawanan. Pada 27 Jun, dalam perlawanan separuh akhir menentang Itali, dia menyempurnakan sepakannya semasa penentuan penalti (0–0 selepas 120 minit).[19]

Navas merupakan salah seorang daripada tujuh pemain yang dikeluarkan daripada skuad terakhir Sepanyol untuk Piala Dunia FIFA 2014 bersama-sama rakan sepasukan City, Álvaro Negredo.[20]

Gol antarabangsa